区档案馆内设3个科室，1个所属公益一类事业单位。

办公室：协调处理馆内日常工作；负责综合协调、信息处理、督查工作；负责文秘、保密、档案、安全保卫、后勤服务及财产管理工作；负责党群、人事、劳动工资和机构编制及离退休干部的管理服务工作；开展档案宣传和对外交流工作。

保管利用科：负责馆藏档案资料的科学保管工作，维护档案安全；负责馆藏档案资料的鉴定并提供利用工作；负责政府信息公开查阅点建设；负责馆藏档案资料的统计、保护和修复；负责馆藏传统载体档案的数字化工作。

      征集编研科：负责接收区级机关单位、街道、团体、企事业单位的档案资料；征集社会上的重要档案资料；开发档案信息资源，开展档案史料研究；负责档案史料与信息的编辑工作；负责档案史料陈列展览工作及爱国主义教育基地建设。

区电子文件和数字档案登记备份中心：负责馆内设备管理；负责办公自动化建设；负责馆藏档案管理现代化、信息化建设，维护本馆档案信息管理系统和各类档案数据，负责档案信息安全和数据容灾备份，负责电子档案的接收和保存，负责组织开展档案科研活动。